COOT - ein modernes 3D Grafikprogramm

Neben dem klassischen Grafikprogramm XP gibt es eine Reihe neuer 3D-Visualisierungsprogramme, z.B. COOT und PYMOL, die viele interessante Features bieten. Wir wollen uns hier kurz Coot ansehen, weil es recht einfach verschiedene Elektronendichten angezeigen kann.

Für die Darstellung von Elektronendichte in Coot braucht man zwei Files: Ein Koordinatenfile mit dem Modell (name.res) und ein File, welches die Dichteinformationen enthält (name.fcf). Als Koordinatenfile sollte das aktuelle RES-File benutzt werden. Für das Dichtefile muß mit Shelxl, wie für den Befehl EDEN in XP, ein solches File erzeugt werden. Dazu muß die Anweisung LIST 6 im INS-File gesetzt werden. Es ist hier nicht moelich, gleichzeitig LIST 3 und LIST 6 zu setzen, da jeweils ein FCF-File erzeugt wird.

Setzt LIST 3 auf LIST 6
Fuehrt eine Verfeinerung mit shelxl aus.

Die Bedienung von COOT ist recht einfach und intuitiv.

coot (oeffnet das Programm)
File -> Open Coordinates (hier das name.res)
File -> Open MTZ, mmCif, fcf (hier das name.fcf)

Das entsprechende Molekül wird dann im Hauptfenster angezeigt und kann per Maus frei im Raum bewegbar und gedreht werden. Ein Klick auf ein Atom zentriert dieses und gibt nähere Informationen. Neben dem Strukturmodell wird auch eine farbcodierte Elektronendichte angezeigt. Die Elektronendichte, die durch das Strukturmodell interpretiert wird, ist als blaue Dichte, Differenzelektronendichte in roten und grünen Bereichen dargestellt. Gut verfeinerte Strukturen sollten möglichst wenig Differenzelektronendichte, also nur wenige rote und grüne Bereiche haben. Durch starten des Displaymanagers (MenuLeiste) kann zwischen beiden Modellen gewählt werden. Das Niveau der Elektronendichte läßt sich mittels Mausrad 'scrollen'. Mit Hilfe dieser Funktion können leicht fehlende Atome lokalisiert werden.

-> Draw -> Cell & Symmetry
Master Switch (yes), Expanded Symmetry (on)
-> Displaymanager
scroll

Zu den großen Stärken von COOT gehört die Darstellung in 3D. Dazu bedarf es nur einer leistungfähigen Grafigkarte und eines Monitors, der linear polarisiertes Licht aussenden kann. Weiterhin benötigt man eine Polarisationsbrille. Nun braucht ihr nur noch die Option.

-> Draw -> Stereo
Zalman Stereo

anzuwählen und ihr seht ein 3D Bild. ;-}